L’Autorità Portuale di Venezia è organizzata in quattro direzioni: Direzione Affari Istituzionali e Demanio, Direzione Tecnica, Direzione Programmazione e Finanza e Direzione Pianificazione Strategica e Sviluppo. C’è anche una quinta struttura, in cui opera lo staff del Segretario Generale e del Presidente.
Il Presidente dell’Autorità Portuale viene scelto tra i massimi esperti nei settori dell’economia dei trasporti e portuale. Resta in carica quattro anni e può essere riconfermato una sola volta.
Il Segretario Generale è preposto alla segreteria tecnico operativa e provvede agli adempimenti necessari al funzionamento dell’Autorità Portuale.
